El lugar de Isil aparece mencionado en el documento de consagración de la Seu d'Urgell, dentro del conjunto de parroquias de la Vall d'Àneu. El año 1064 era del conde Ramón V, el cual le cedió a su primo Artau I, aunque parece ser que no paso a manos de ningún conde del Pallars Sobirà hasta finales del siglo XI. En el 1090, el conde Artau II y los suyos, donaban al monasterio de Santa Maria de Gerri todos los bienes de la villa de Isil.
Actualmente, la iglesia de Sant Joan de Isil tiene funciones de capilla cementerial, ya que existe una nueva iglesia de Sant Joan de Isil en el núcleo poblado, construida en el siglo XVI. Actualmente depende de la parroquia de Esterri d'Àneu.
Se trata de un edificio de planta basilical con tres naves rematadas en tres ábsides, situada perpendicularmente al valle en sentido este-oeste. La cubierta se soluciona mediante una techumbre a dos aguas de madera y tejas de pizarra, y por bóvedas de piedra en la parte mas cercana a la cabecera.
La cabecera se sitúa sobre una rocas que quedan suspendidas sobre el cauce del Noguera Pallaresa, desde la orilla oriental del mismo se obtiene una imagen inédita en el románico, como es la de los tres ábsides situados sobre el agua.
Destacan los cuatro volúmenes en la parte superior de las esquinas, especie de torreones recortados que deberían tener función defensiva. La situación de Isil así lo sugiere, puesto que se sitúa en un punto de paso en el viejo camino desde los valles de Aneu hacia el Valle de Aran.
Parece ser que se trata de un edificio con vestigios del siglo XI, aunque la decoración de la fachada indica que se terminó al menos en el XII.
La puerta abierta en el muro sur es de prácticamente idéntica factura que en la cercana localidad de Sant Llicer d'Alós d'Isil. O aquella es similar a esta, ¿quien sabe? . Lo que esta claro es que fueron levantadas por el mismo maestro o taller que diseñó las entradas de Isavarre y Escalarre, también en las Valls d'Àneu.
Su estructura es a base de tres arquivoltas en degradación apoyadas sobre tres pares de columnas con sus respectivos pares de capiteles.
El ajedrezado exterior de la última arquivolta imita al de Sant Lliser, así como los cilindros y las flores de seis pétalos decorativas.
La imposta y los capiteles también aparecen decorados. La primera con motivos de origen vegetal en las caras externas y rosetas rodeadas por círculos como las de la arquivolta en la cara interna
Los capiteles son, como ya vimos muy similares a los de Alós d'Isil. En el lado izquierdo tenemos empezamos por el capitel mas exterior, que cuenta con una cabeza humana con una gran cabellera representada por trazos muy sencillos. El segundo capitel, el central cuenta con dos aves enfrentadas y que apoyan sus cabezas la una contra la otra en el ángulo, con una esfera bajo ellos. El capitel mas interior, de nuevo un rostro humano del que identificamos la boca, la nariz y los ojos, y dos largos brazos que abiertos hacia atrás y las dos piernas que se doblan hacia la cabeza, quedando la figura en una incómoda posición.
En el lado derecho, el capitel del interior contiene una cara redondeada, similar a la opuesta en el lado izquierdo, con los dos brazos entrelazados en la parte superior. En el capitel central figura lo que parece una cabeza de animal, una especie de reptil, con brazos. El último capitel, el mas exterior, aparecen desdibujadas unas líneas y una curvas que podría estar emparejado con el simétrico del lado izquierdo.
En la parte superior de la fachada encontramos de nuevo a dos losas de piedra en las que se ha tallado escenas o mensajes simbólicos. La hechura de los mismos es del mismo estilo que las de Sant Lliser d'Alós d'Isil y es posible que su situación fuera la misma En ambas tallas la parte inferior de las figuras ha sido borrada en un momento indeterminado En el bloque del lado izquierdo figuran una pareja de figuras, hombre a la izquierda y mujer a la derecha, el primero pasa el brazo por la espalda de la segunda, un trazado estriado muy esquemático simula el vestido de ambas figuras. El fondo de la escena aparece zigzageada en la parte inferior, algo así como un campo o un fondo marino, mientras que en la parte superior, en los espacios entre las cabezas y los hombros aparecen unas inscripciones, quizás "DO-MI-NES", aludiendo tal vez a los promotores de la obra.
Sobre las dos ventanas de estilo gótico aparecen también dos piedras trabajadas en forma de cabeza, que sobresalen del paramento, quizás dos ménsulas reaprovechadas, con caras grotescas, una de ellas la de un hombre que se abre la boca con las manos y realiza una fea mueca, la otra es simplemente un rostro sin ninguna expresión facial.
[Datos sacados de;” Catalunya Románica”. Vol. XV. Pallars. 1987. Barcelona. Fundació Enciclopèdia Catalana.]
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